Het restaureren van een orgel is misschien wel een van de belangrijkste werkzaamheden van het NBC. Dit alles wordt serieus aangepakt om er zeker van te zijn dat het instrument zijn oude klank behoudt. Bij elke restauratie werkt het NBC volgens een van te voren vastgelegd "plan van aanpak". Deze blauwdruk voor de restauratie wordt samen met de klant vastgesteld, zo kan de klant kiezen voor een totale restauratie, deelrestauratie of restauratie van één of meerdere onderdelen.
Waar de klant ook voor kiest, waarden als "authentiek" en "behouden" zijn voor het NBC de leidraad bij de restauratie. Erg belangrijk is duidelijkheid voor de klant voor wat betreft het eindresultaat maar ook voor wat betreft de kosten van de restauratie. Deze manier van werken garandeert een no-nonsens aanpak waarbij de klant vanaf het begin weet waar hij aan toe is.
Waar mogelijk probeert het NBC de originele onderdelen te behouden en zodanig te restaureren dat er een perfect eindproduct geleverd wordt wat toch zijn authenticiteit behouden heeft.
Door samenwerking met verschillende instanties heeft het NBC de mogelijkheid om cultuurhistorische instrumenten te restaureren tegen gereduceerde prijzen zodat restauratie voor meer instrumenten mogelijk is.